Entstanden ist der See im späten Miozän bis Pliozän also vor ca. neun bis zwölf Millionen Jahren. Er liegt in einem tektonischen Graben, der zum Ostafrikanischen Grabenbruchsystem gehört. Die Entwicklung des Sees unterlag bis heute unter vielen anderen Faktoren vielfältigen klimatischen (z.B. Dürreperioden mit wechselnden Wasserständen) und geologischen Einflüssen (Vulkantätigkeit). Sie brachten wiederum vielseitige neue und immer wieder veränderte Lebensräume hervor. Mutationen innerhalb der isolierten Cichlidengesellschaften in den abgegrenzten Lebensräumen führten bis heute zu dieser einzigartigen, endemischen Artenvielfalt des Sees.

Heute hat der See eine Länge von 650km und er ist bis zu 70km breit. Seine maximale Tiefe beträgt 1470m.